I think,therefore I am
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群体结构分析三种常用方法 (下篇) 群体结构分析三种常用方法 (下篇)
写在前面在上篇文章中，我们学习了PCA分析基本过程，接下来接着学习系统发育树的构建和祖先成分分析。 二、 邻接法构建系统发生树基于SNP数据构建系统发生树，省略了序列比对的步骤，这里推荐使用邻接法（Neighbour-Joining，NJ）
2019-05-22 Bioinformatics
群体结构分析三种常用方法 (上篇) 群体结构分析三种常用方法 (上篇)
写在前面在群体遗传学和进化生物学相关的项目中，群体结构分析是最常见也是最初步的分析内容，可以帮助我们确认样本分群是否符合预期以及检测离群样本。群体结构分析最常用的三种方法就是PCA、系统发生树和祖先成分堆叠图，下面我们将使用发表在Genom
2019-05-13 Bioinformatics
population genetics pca
从零开始入门R语言编程 从零开始入门R语言编程
R语言编程入门写在前面的 上期推文介绍了如何使用R语言编程进行样本间相关性分析，主要涉及了R语言矩阵、循环、统计分析函数、ggplot2、corrplot等函数包的使用，涉及的知识面较多，如果不是经常做生物信息或者是编程出家，很难在短时间内
2019-05-10 Bioinformatics
R
RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？ RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？
1. 转录组数据统计推断的难题在RNA-seq中进行两组间的差异分析是最正常不过的了。 我们在其它实验中同样会遇到类似的分析，通常，我们可以用方差分析判定两组“分布”数据间是否存在显著差异。原理是：当组间方差大于组内方差（误差效应），并且统
2019-05-07 Bioinformatics
R语言进行样本间相关性分析 R语言进行样本间相关性分析
熊东彦 universebiologygirl 写在前面的话生物学数据分析中相关性分析是十分重要的一个环节，但这个环节又经常被忽视。以生物信息学分析为例：非生物信息专业的学生通常在分析实验获得测序数据时都会忽略这个问题。 大多数非专业生
2019-05-07 Bioinformatics
如何理解和计算FDR? 如何理解和计算FDR?
按照惯例，先来个自我介绍： 大家好，我是实习6年的生信狗小明同学，不会唱、跳、Rap，喜欢装X，瞎逼逼和开车（话说我驾照都没啊），以后我将在这里给大家带来生信、统计学和机器学习方面的分享，希望大家能够喜欢（欢呼声和掌声现在可以起来了╭(●
2019-05-07 Bioinformatics
NCBI Taxonomy数据处理：TaxonKit工具详解 NCBI Taxonomy数据处理：TaxonKit工具详解
原创：老板，来一打TPU 遇到的问题 在做宏基因组分析时，通过基因注释得到一个包含10k之多种微生物物种名list(scientific name)，现在想统计这些物种在界、门、纲、目、科、属等不同分类水平的总的数量。这就是本
2019-04-22 Bioinformatics
taxonkit